日本GP予選が行われ、セバスチャン・ヴェッテルがポールポジションを獲得し、タイトル獲得に向けて最高のポジションからスタートすることになった。2番手にジェンソン・バトン、3番手にルイス・ハミルトンが入り、小林可夢偉は10番手となった。
金曜日に引き続き快晴で良好なコンディションとなった土曜日の鈴鹿で、予選セッションは午後2時からスタートした。セッションが開始されると、まずヤルノ・トゥルーリがコースに出て行った。各車が順調にタイムを記録していく中、HRTのヴィタントニオ・リウッツィはエンジントラブルによりタイムを記録することができなかった。ニコ・ロズベルグもハイドロリックのトラブルに見舞われ、タイムを記録することなく23位で予選を終えた。ここで脱落したのは前述の2名と、ヴァージン、チーム・ロータスの両ドライバー、HRTのダニエル・リチャルドの7人だった。また、トップタイムを記録したのは小林可夢偉で、オプションタイヤを使用してアタックした彼は母国のファンを湧かせる走りを見せた。
Q2でも可夢偉は印象的な走りを見せる。セッション終盤、彼はぎりぎりのところでトップ10入りを決め、再び母国のファンを湧かせた。ここではフォースインディア、トロロッソ、ウィリアムズの2名とセルジオ・ペレスがノックアウトとなった。
ここまでのセッションで常にリードを奪ってきたルイス・ハミルトンは、Q3でもポールポジション候補の筆頭だった。しかし、最後のフライングラップを記録できなかった彼は、結局3位で予選を終えることになった。3回全てのフリー走行でトップタイムを記録したジェンソン・バトンは、セバスチャン・ヴェッテルと1000分の9秒差で2位となり、ヴェッテルがポールポジションを獲得した。4位にフェリペ・マッサ、5位にフェルナンド・アロンソ、6位にマーク・ウェーバーが入り、タイムを記録しなかったミハエル・シューマッハ、ブルーノ・セナ、ヴィタリー・ペトロフ、小林の4人が7位から10位となった。
可夢偉は予選を10位で終え、ミハエル・シューマッハ、ブルーノ・セナ、ヴィタリー・ペトロフが彼よりも前のグリッドでレースをすることになっていたが、レーススチュワードはノータイムだった4人のQ3でのラップ数を考慮して小林を7位に繰り上げることを決定した。