私的録音録画補償金制度において、iPodなどの携帯音楽プレーヤーを課金対象とする、いわゆる“iPod課金”について、アップルジャパンは「科学的かつ客観的証拠に基づかない理由による私的録音録画補償金制度は即時撤廃すべき」との意見を示した。この主張は、首相官邸が5月31日に公開した「『知的財産推進計画2006』の見直しに関する意見募集の結果について」という文書で、団体からの意見との一部として紹介されている。
この文書によれば、同制度の抜本的な見直しを図るために、文化審議会著作権分科会に設けられた「私的録音録画小委員会」ではアップルジャパンを閉め出し、著作権者団体の意見のみをくみ取っていると指摘。消費者や機器メーカーの立場を無視した「欠席裁判」を進めているとして、「文化庁著作権課による一方的な行政運営には理解不能」と痛烈に批判している。
