検索対象となるファイルはOutlook 2000とOutlook Express 5以上のメールファイル、TXT、HTML、DOC、XLS、PPTファイル、AOL7以上及びAIM5以上のチャットログ、Internet Explorer 5以上で閲覧されたページのキャッシュファイルとなっており、これ以外のファイルは検索対象とならない。
Google Desktop Searchはインターネット検索とローカル検索とも同じインターフェイスを行なうため、自分のローカルな情報が流出しないかというプライバシーに対する懸念が生じるが、Googleでは「我々はあなたのプライバシーを最大限のリスペクトを持って扱う」と説明している。インストールする際には匿名の統計的情報をGoogleに送信することを許可することもできるが、それを拒否することもできる。